多色刷りの紙原稿は,色の数だけ原稿を作ります.2色で原稿を描いても2色刷りにはなりません.
原稿はインキの色に関係なく,すべて黒で描くこともご注意ください.
位置あわせが厳密でないもの(タイトル文字と背景など)の場合は,白黒と同じ要領で2色分の原稿を作っていただければかまいません.
一方,絵柄に2色がある場合(主線と塗りなど)は,ライトテーブルで2枚の原稿用紙の位置を合わせる,2枚目の原稿用紙のかわりにトレーシングペーパを使うなど,原稿での位置を合わせる必要があります.
もともと多色刷りは多少の位置ずれが生じますが,紙原稿の場合はデータと比較しても位置がずれやすいため,多少位置がずれることを前提に原稿を描かれることをおすすめします.(例:主線を太く描く)